Принят Водный кодекс Российской Федерации, которым устанавливаются правовые основы использования и охраны водных объектов, определяются полномочия Российской Федерации, субъектов Российской Федерации и муниципальных образований в данной сфере.  Также Водным кодексом Российской Федерации предусмотрена передача органам государственной власти субъектов Российской Федерации,  следующих полномочий, осуществляемых   за счет субвенций из федерального бюджета:

1) предоставление водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территориях субъектов Российской Федерации, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, указанных в части 1 статьи 21 данного Кодекса;

2) осуществление мер по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территориях субъектов Российской Федерации;

3) осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территориях субъектов Российской Федерации.

Данное не распространяется на водохранилища, которые полностью расположены на территориях соответствующих субъектов Российской Федерации и использование водных ресурсов которых осуществляется для обеспечения питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения двух и более субъектов Российской Федерации. Перечень таких водохранилищ устанавливается Правительством Российской Федерации.

В соответствии с Федеральным законом от 3 июня 2006 г. № 73-ФЗ «О введении в действие Водного кодекса Российской Федерации» Водный кодекс Российской Федерации вступает в силу с 1 января 2007 г. При этом сохраняется действие выданных и заключенных до 1 января 2007 г. лицензий на водопользование и договоров пользования водными объектами до истечения указанных в них сроков. Вместе с тем устанавливается возможность по желанию водопользователей переоформить указанные документы на предусмотренные Водным кодексом договоры водопользования или решения о предоставлении водных объектов в пользование.